分支機構向所在地的主管稅務機關申報繳納增值稅。具體規定是，總機構和分支機構不在同一縣、市的，應當分別向各自所在地的主管稅務機關申報納稅。經財政部和國家稅務總局或者其授權的財政和稅務機關批準，可以由總機構匯總向總機構所在地的主管稅務機關申報納稅。

《稅收征收管理法》第四條規定，法律、行政法規規定負有納稅義務的單位和個人為納稅人。 法律、行政法規規定負有代扣代繳、代收代繳稅款義務的單位和個人為扣繳義務人。 納稅人、扣繳義務人必須依照法律、行政法規的規定繳納稅款、代扣代繳、代收代繳稅款。